申能股份是一家在中国证券交易所上市的能源公司，主要从事煤炭、电力和新能源等领域的业务。根据公开信息，申能股份持有的公司股票包括但不限于以下几家：

1. 申能集团：申能股份作为上市公司，持有申能集团的股份。申能集团是中国大型能源企业集团之一，涵盖煤炭、电力、新能源等多个领域。

2. 陕西煤业化工集团股份有限公司：申能股份是陕西煤业化工集团的控股股东之一。该公司主要从事煤炭开采、煤化工及相关领域的经营。

3. 新疆伊泰能源股份有限公司：申能股份持有新疆伊泰能源的部分股份。该公司是中国重点煤炭生产企业之一。

4. 申能股份还可能持有其他能源相关公司的股份，但具体情况需要根据最新公开信息进行确认。

需要注意的是，以上所述仅是根据公开信息推测得出的情况，并不能保证完全准确。申能股份实际持有的公司股票情况可能会根据市场变动和战略调整等因素而有所变化。建议查阅最新的公司公告和财务报表以获取准确的信息。