当一个公司的初次公开募股（IPO）申请被监管机构否决时，公司可以采取以下措施来处理二次被否的情况：

1. 了解拒绝理由：首先，公司应仔细阅读监管机构对IPO申请的拒绝决定，并理解拒绝的具体原因。这些原因可能包括财务状况不佳、业务模型不可行、管理团队能力不足等。了解拒绝的原因是解决问题的第一步。

2. 修正问题：根据监管机构提出的拒绝理由，公司应该积极采取行动来修正问题。这可能包括改进财务报表、完善业务计划、提升管理团队的能力等。公司可以聘请专业的顾问或咨询机构来提供帮助。

3. 重新申请：一旦公司修正了问题，可以考虑重新提交IPO申请。重新申请之前，公司应该确保修正了监管机构提出的所有问题，并准备充分的文件和资料来支持申请。

4. 沟通与合作：在整个过程中，与监管机构保持积极的沟通与合作非常重要。公司应该准备好回答监管机构的问题，并向他们展示问题的解决方案。与监管机构建立良好的关系可以增加重新申请获批的机会。

5. 寻求其他融资途径：如果IPO申请再次被否决，公司可以考虑其他融资途径，如私募股权融资、债务融资、风险投资等。这些融资方式可以为公司提供资金支持，以继续发展业务。

总之，当IPO申请二次被否时，公司应该认真分析问题原因，积极修正问题，并与监管机构保持良好的沟通与合作。寻求其他融资途径也是解决资金需求的一个选择。